С.Я. Попов – выпускник 1976 г. Московской сельскохозяйственной академии им. К.А. Тимирязева по специальности «Защита растений».
Закончил аспирантуру и докторантуру и работал на кафедре энтомологии ассистентом, доцентом, профессором. Прошёл научные стажировки в университетах Голландии и Швеции. В 1997 г. им защищена докторская диссертация на тему «Экологические основы ограничения численности и вредоносности основных вредителей плодоносящей земляники: малинно-земляничного долгоносика и паутинных клещей», в 1999 г. присвоено учёное звание профессора. С 2013 г. является член-корреспондентом РАЕН.
С сентября 2001 г. по август 2010 г. возглавлял кафедру химических средств защиты растений, с сентября 2010 г. по июнь 2018 г. (после слияния трёх родственных кафедр) – кафедру защиты растений. В настоящее время трудится профессором кафедры защиты растений.
С.Я. Попов является известным специалистом в области сельскохозяйственной акарологии, энтомологии и химических средств защиты растений. В частности, направления его научных исследований связаны с изучением экологии ряда контрастных по образу жизни вредителей, с совершенствованием интегрированных систем защиты растений от вредителей, а также с разработкой биологических и иных основ снижения пестицидной нагрузки на агробиоценозы.
Им подробно исследованы важные аспекты экологии и меры ограничения вредоносности паутинных клещей рода Tetranychus в ряде агроценозов. С.Я. Попов является известным специалистом по изучению значимого вида насекомого – малинно-земляничного цветоеда (Anthonomus rubi Herbst).
С.Я. Поповым опубликовано более 200 научных и учебно-методических работ, в том числе 11 книг (9 в соавторстве). Им подготовлены 1 доктор сельскохозяйственных наук, 10 кандидатов наук и около 100 дипломников.
Помимо научной и преподавательской деятельности, юбиляр известен как талантливый писатель. В частности, С.Я. Попов, дебютировавший в 1980 году в студенческой газете «Тимирязевец», ныне, является автором таких произведений как «Дёминские записки» (2009, 2018), «Дёминская Лолерея» (2019), «Сквозь невесомое время. Записки преподавателя» (2016), «Времена года: прогулки с самим собой» (2014) и других. Печатающийся также под литературным псевдонимом «Попов-Соснин», Сергей Яковлевич известен как автор миниатюр о природе в альманахах, выпускаемых Союзом писателей России и многих других произведений.
С. Я. Попов награждён памятной медалью «В память 850-летия Москвы» (1997), медалью Климента Аркадьевича Тимирязева (2013), Благодарностью Президента Российской Федерации (2016), почетной серебряной медалью И. А. Бунина РАЕН (2016), дипломом и медалью МГО СПР «И. А. Бунин (1870—1953)» (2019).