Университет является колыбелью не только агрономических и зоотехнических наук, но и таких инженерно-технических наук, как защита в черезвычайных ситуациях.
Началом деятельности кафедры защита в чрезвычайных ситуация можно считать 1938 год, когда в московском гидромелиоративном институте (МГМИ) была организована в 1938 г. военная кафедра. Ее основателем является полковник И.И. Кабалов. Вначале военное обучение проводилось по специализированной программе по инженерному профилю. Военное дело студенты изучали со второго курса. Обучение было организовано методом военных недель с соответствующим распорядком дня. Учебные сборы с военнообязанными студентами проводились в течение двух месяцев после четвертого курса. В связи с введением военной подготовки срок обучения в институте был увеличен до 6 лет. В довоенный период военную подготовку на кафедре закончили будущие профессора С.В. Виноградов и К.А. Ксенофонтов, а также доцент Л.Б. Левановский.
В 1941 г. основная масса студентов выехала под Москву на строительство оборонительных сооружений. Из оставшихся студентов и сотрудников института была сформирована особая саперная рота народного ополчения Тимирязевского района г. Москвы, которая находилась на казарменном положении. Командиром роты был подполковник И.И. Кабалов. Рота занималась вопросами подготовки помещений под госпитали, строительства и восстановления мостов, защитных сооружений и др.
В это время на кафедре велась подготовка офицеров запаса для частей ВВС по специальностям: "Автомобильные дороги и аэродромы", "Средства аэродромно-технического обеспечения полетов".
В период с 1949 по 2007 гг. было подготовлено более 6 тысяч офицеров запаса для инженерно-аэродромной службы, из которых многие проходят действительную военную службу и в настоящее время: генерал-майор авиации А.Н. Степанников, генерал-майор В.В. Никольский, подполковники Ю.П. Черячукин, Л.Т. Хохлов и др.).
Военная подготовка в университете проводилась в течение 5 семестров, начиная со второго курса. Имеющаяся учебная материально-техническая база кафедры, учебный полигон "Купавна" и 39 кафедр университета позволяли вести военную подготовку офицеров запаса по установленным ВУС на высоком профессиональном уровне.
С 1991 г. по 2007 г. начальником военной кафедры являлся полковник В.Г. Забродин.
В 1993 г. МГМИ переименован в Московский государственный университет природообустройства (МГУП). Постановление Совета Министров Правительства РФ от 23 октября № 1083, приказ Госкомитета РФ по высшему образованию от 26 мая 1994 г. №524 и приказ Министерства сельского хозяйства и продовольствия (МСХП) РФ от 9 июня 1994 г. №142.
МГУП первым среди вузов Минсельхоза России, предложил и начал подготовку кадров с высшим образованием по специальности «Защита в чрезвычайных ситуациях» по направлению «Техносферная безопасность» считая это направление подготовки актуальным, перспективным и востребованным в современной экономике страны.
Для желающих посвятить себя работе по предотвращению аварий, катастроф и ликвидации их последствий с сентября 2007 г. при содействии ФГУ «Всероссийский научно-исследовательский институт по проблемам гражданской обороны и чрезвычайных ситуаций МЧС России» (ФГОУ ВНИИ ГОЧС (ФЦ) и Академии гражданской защиты МЧС России в МГУП ведет подготовку специалистов по направлению «Безопасность жизнедеятельности» по специальности 28.01.03 «Защита в чрезвычайных ситуациях» со специализацией «Управление безопасностью в кризисных ситуациях природного и техногенного характера», квалификация – инженер.
В период с 2007 г. по 2008 г. проводятся мероприятия по оснащению кафедры наглядными пособиями, новыми стендами, аудио-, видео- и мультимедийными материалами.
В 2009 году заведующим кафедрой был избран д.т.н., профессор А.Л. Бирюков.
4 апреля 2014 года приказом Министра сельского хозяйства Российской Федерации № 15-у об утверждении Изменений и дополнений №1 в Устав ФГБОУ ВПО РГАУ-МСХА имени К.А. Тимирязева федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Московский государственный агроинженерный университет имени В.П.Горячкина» и федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Московский государственный университет природообустройства» присоединены к федеральному государственному бюджетному образовательному учреждению высшего профессионального образования «Российский государственный аграрный университет - МСХА имени К.А.Тимирязева».
В 2014 г. к кафедре защита в чрезвычайных ситуациях присоединилась кафедра безопасности жизнедеятельности МГУП, которая была создана в 1977 году на базе кафедры охрана труда.
В 1992 г. на базе двух кафедр: охраны труда и гражданской обороны создается кафедра безопасности жизнедеятельности.
В разное время кафедрой безопасности жизнедеятельности заведовали профессор, д.м.н Г.А. Антропов, доцент, к.т.н. М.А. Кордонский, доцент М.А.Марголин.
С 1995 г. до 2014 г. кафедрой безопасности жизнедеятельности заведовал профессор, д.т.н., заслуженный изобретатель РСФСР, президент Международной общественной Академии экологической безопасности и природопользования (МОАЭБП) В.Н. Пряхин.
В период работы кафедры кафедрой безопасности жизнедеятельности: медико-биологические основы безопасности жизнедеятельности, физиология человека, устойчивое развитие человечества, техническая надежность и техногенный риск и др.
В 2015 г. к кафедре защита в чрезвычайных ситуациях присоединилась кафедра безопасности жизнедеятельности РГАУ-МСХА имени К.А. Тимирязева, которая была основана в 1969 г. на базе курса гражданской обороны, входящего в состав военной кафедры РГАУ-МСХА имени К.А. Тимирязева.
Заведующим кафедрой гражданской обороны был назначен полковник, к.в.н., доцент Н.И. Акимов.
С 1978 года кафедра была преобразована в ведущую кафедру для всех с.-х. вузов страны.
Обращаясь к организационному периоду становления кафедры, с введением в вузах самостоятельной дисциплины «Безопасность жизнедеятельности» кафедры экологии и гражданской обороны были объединены.
С 1993 года в РГАУ-МСХА имени К.А. Тимирязева функционировала кафедра экологии и безопасности жизнедеятельности. Руководил курсом «Безопасность жизнедеятельности» доцент В.В. Рожнов. До момента объединения вопросы безопасности жизнедеятельности находились в ведении кафедры гражданской обороны.
19 июля 2004 года, по решению ученого совета РГАУ-МСХА имени К.А. Тимирязева и приказа ректора № К-5-546, на основе кафедры экологии и безопасности жизнедеятельности, которая обеспечивала преподавание курса «Безопасность жизнедеятельности на объектах сельскохозяйственного производства в чрезвычайных ситуациях», была создана самостоятельная кафедра Безопасности жизнедеятельности. Исполнять обязанности заведующего кафедрой был назначен д.с.-х.н, профессор В.Г. Плющиков.
В результате совместной деятельности специалистов ФГУП РосНТЦагроЧС и преподавателей РГАУ-МСХА имени К.А. Тимирязева была значительно усовершенствована методическая база по безопасности жизнедеятельности в отраслях АПК.
В период с 2005-2007 учебные годы, обязанности заведующего кафедрой были возложены на старейшего сотрудника кафедры, доцента, заслуженного работника высшего образования В.В. Рожнова.
В сентябре 2006 году, в результате расформирования кафедры охрана труда, на кафедре безопасности жизнедеятельности вновь произошли изменения, на кафедре безопасности жизнедеятельности стал преподаваться курс «Охрана труда в сельском хозяйстве» в составе дисциплины «Безопасность жизнедеятельности».
С января 2007 г. по январь 2011 г. кафедру безопасности жизнедеятельности возглавляла доктор с.-х. наук, профессор Автухович И.Е.
С января 2011 г. по 2015 г. кафедру безопасности жизнедеятельности возглавлял к.с.-х.н, доцент Гущин С.Н.
В настоящее время в Университете кафедра «Защита в чрезвычайных ситуациях», объединяет в себе учебно-методические разработки для преподавания дисциплины «Безопасность жизнедеятельности» для всех направлений и специализаций вуза и преподавания специальных дисциплин для выпуска высококвалифицированных бакалавров и магистров по направлению подготовки 20.03.01 Техносферная безопасность, профиль подготовки - Защита в чрезвычайных ситуациях.
На объединенной кафедре «Защита в чрезвычайных ситуациях» активно ведется работа по взаимодействию с партнерами: подразделениями и отделами Управления по САО Главного управления МЧС России по г. Москве; отделами Управления по Зеленоградскому административному округу Главного Управления МЧС России по г. Москве; ФГБНУ Всероссийским научно-исследовательским институтом гидротехники и мелиорации имени А.Н. Костякова; Международной общественной Академией экологической безопасности и природопользования (МОАЭБП); Академией гражданской защиты МЧС России; ФГБУ ВНИИ ГОЧС (ФЦ).