В 1894 г. на базе Петровской академии был создан Московский сельскохозяйственный институт, имевший два отделения: сельскохозяйственное и инженерное. Курс высшей математики читался на инженерном отделении и в первые годы существования института не являлся обязательным. Во втором десятилетии ХХ века объём преподавания математики увеличился. В эти годы курсы математики и теоретической механики читал профессор Г. Г. Аппельрот, известный ученый в области механики, магистр прикладной математики. Была образована кафедра математики, заведующим которой избран крупнейший специалист в области дифференциальной геометрии, приват-доцент (впоследствии профессор МГУ) С. С. Бюшгенс.
После Октябрьской революции в академии появились студенты из крестьянской и рабочей молодёжи. Для них впервые были организованы подготовительные занятия по математике на рабфаке. Преподаватели кафедры вели занятия со студентами парттысячниками в подготовительных группах. Все эти годы вплоть до 1930 года кафедру высшей математики возглавлял доктор физико-математических наук С. С. Бюшгенс.
В 1930 году академия была разделена на ряд институтов, курсы математики приобретают узкий отраслевой характер и называются «прикладными курсами».
С 1930 г до 1948 г. кафедрой руководит профессор Н. В. Рындина, автор ряда учебников по математике и работ по механизации сельского хозяйства.
В 1949-1958 гг. кафедра математики была объединена с кафедрой физики во главе с доцентом А. И. Шугаром. Все годы, начиная с 1932 по 1963 год, на кафедре работал старший преподаватель Д. Ф. Козловский.
В 1958 г. кафедра математики выделилась в самостоятельную кафедру, которой стал руководить профессор А. М. Файнзильбер. С 1960 г. три сельскохозяйственных вуза были снова объединены, и заведующим кафедрой математики был сначала С.С. Бюшгенс, а затем профессор И.И. Волков. В 1965 году в связи с восстановлением Московской сельскохозяйственной академии имени К. А. Тимирязева кафедру математики вновь возглавил А. М. Файнзильбер.
Александр Маркович Файнзильбер родился в 1917 году. Окончил механико-математический факультет Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова, в 35 лет защитил докторскую диссертацию. Доктор физико-математических наук; профессор. А.М. Файнзильбер читал курсы лекций по дисциплинам: «Математический анализ», «Теория вероятностей», «Высшая математика».
Несколько лет (1989-1994) кафедрой руководил доктор физико-математических наук А. Г. Петров.
С 1994 по 2000 год кафедрой руководила доцент Е.И. Куркова.
С 2000 по 2022 год кафедру возглавляла доцент Неискашова Е.В., с 2022 исполняет обязанности заведующего кафедрой кандидат педагогических наук Прудкий Александр Сергеевич.
За все годы своего существования кафедра внесла значительный вклад в дело становления специалистов сельского хозяйства.