С момента организации МИМЭСХ прием студентов, обучавшихся инженерным специальностям, был резко увеличен по сравнению с набором на факультет механизации ТСХА. Поэтому перед коллективом кафедры встали новые задачи: нужно набрать новых кадров через аспирантуру. Одним из первых аспирантов стал Карнаухов И. Ф.
В 1933г. на кафедре начинаются в еще большем масштабе проводиться научно-исследовательские работы, в том числе : «Исследование разъемных шатунно-роликовых подшипников, «Исследование новых сортов масел для тракторных двигателей », где Карнаухов И. Ф. принимает активное участие. Позднее Карнаухов И. Ф был перенаправлен ЦК КПСС на работу по совместительству в Высший коммунистический университет им. Я.М.Свердлова.
В сентябре 1934 В.И. Болтинский был освобожден от должности заведующего кафедрой по причине болезни и ее принял Карнаухов И. Ф, выполнявший эту работу до июля 1937.
В сентябре 1943 г. институт был реэвакуирован в Москву и кафедра начала работу на основной ее базе. На тот момент И.Ф. Карнаухов был заместителем по учебной и научной работе.
В 1945 г. вместе с В.Н.Болтинским принимал участие в комиссии МСХ СССР по разработке перспективного типа сельскохозяйственных тракторов.
Значимый вклад был внесен и в учебно-методическую деятельность по созданию учебного пособия, которое называется «Трактор С-80». Пособие разошлось тиражом 60 тыс. экз.